DOSP-VHR-002209 | Op DNA gebaseerde monitoring voor de beoordeling van het effect van invasieve soorten op aquatische gemeenschappen in het Amazonebekken van Ecuador

Traditionele biomonitoring van aquatische ecosystemen is tijdrovend, duur en vereist uitgebreide taxonomische kennis. Monitoring op basis van DNA heeft deze nadelen niet, maar er is wel een uitgebreide database nodig met DNA-sequenties van alle doelsoorten.

We stellen voor om een snel, op DNA gebaseerd monitoringsysteem te ontwikkelen, waarmee invasieve vissen en hun effecten op aquatische gemeenschappen in het Ecuadoraanse stroomgebied van de Amazone vroegtijdig kunnen worden opgespoord. Dit zal gedaan worden door het optimaliseren van de nanopore Next-Generation sequencing (NGS) techniek (MinION) die biomonitoring van tropische aquatische milieus mogelijk maakt. We streven ernaar om 1) een techniek te ontwikkelen op basis van snelle DNA-extracties, gecombineerd met de MinION-technologie voor de detectie van invasieve vissen in realtime en 2) nieuwe DNA-sequenties van amfibieën, macro-invertebraten en vissen op te nemen in de Ecuadoraanse DNA-database. We richten ons project op capaciteitsopbouw door het verbeteren van MinION-vaardigheden voor de vroege detectie van invasieve vissoorten en hun effect op aquatische gemeenschappen. We versterken de capaciteiten van personeel en studenten (lokaal en Belgisch) via thesis, praktische cursussen, veldwerk, trainingen en stages. Deze snelle detectie van invasieve soorten kan hun uitroeiing vergemakkelijken, de preventie van hun verdere verspreiding vergemakkelijken en effectievere acties voor het behoud van aquatische ecosystemen bevorderen.